Oppbygningsmessig har WUFI 2D store likheter med WUFI 1D, med hensyn til krav av inngangsdata. De største forskjellene ligger i beregningsmodellen, der transportligningene løses i to dimensjoner i stedet for en.

Dette fører til en noe høyere brukerterskel, siden den todimensjonale beregningsmodellen i større grad kan gi grunnlag for numeriske problemer. Det kan derfor være en fordel å gjøre seg kjent med endimensjonale beregningsmodeller før bruk av WUFI 2D.

WUFI programvare er under stadig utvikling, og dagens 2D-versjon er versjon 3.3. Denne versjon har mye av den samme funksjonaliteten som WUFI-1D (med noen unntak). Men man kan altså regne i to dimensjoner, noe som ofte er nødvendig for å vurdere fuktsikkerheten til overgangsdetaljer.